עבור חלק מהאנשים בתי הקברות היהודים שבפראג הם מקומות של רומנטיקה, מיסטיקה ומיסתורין. עבור אחרים אלה מקומוות מנוחתם לנצח של רבנים ואישים חשובים. הקהילה היהודית שבפראג פתחה בפני הציבור שניים מבין בתי הקברות החשובים ביותר שלה – בית הקברות הישן בז'יז'קוב ובית העלמין החדש. בשני בתי הקברות ישנם קברים בעלי ערך היסטורי רב ומושך אלפים מדי שנה לבקר בם. בית העלמין היהודי החדש הוא היחידי בפראג המשמש לקבורות יהודיות גם כיום.

בית הקברות הישן בז’יז’קוב נוסד בשנת 1680 כמקום קבורה לחברי הקהילה היהודית בפראג אשר נפטרו ממגפת דבר וגם בעשור השני של המאה ה18מהמגיפה, ובאופן סדיר משנת 1787 עד לשנת 1890, כשנכנס לתוקף איסור קבורה בתוך שטחי העיר. בית הקברות הינו אתר היסטורי חשוב. נקברו בו כ- 40000 איש ובינם מספר רבנים ומלומדים בולטים. הקבר המפורסם ביותר הוא קברו של הר”ר של פראג יחזקאל לנדאו, הידוע גם בשם “נודע ביהודה” (1713-1793). מצבתו שופצה בשנת 1993 (לכבוד היארצייט שלו) יחד עם מצבות אחרות של קרובי משפחתו. קבורים כאן גם אישים יהודיים חשובים אחרים ונציגי תנועת ההשכלה היהודית המודרנית כמו תלמידו של הרב לנדאו, חבר בית דין הרב אלעזר פלקלס (1754-1826), הרופא יונה ייטלס (1735-1806), בנו ברוך ייטלס (1762-1813) או ההיסטוריון דוד פודיברד (1803-1882). מצבות הענק הייצוגיות מסמנות את קברי אנשי העסקים היהודיים הראשונים – יואכים פופר (1721-1795), בני משפחת ירוסלם, פריברם ו-דורמיטצר. מבחינה אמנותית ניתן לעקוב בבית הקברות אחרי ההתפתחות ממצבות מעוצבות בסגנון ברוקו, מצבות ייצוגיות בסגנון אמפיר, מצבות מקושטות ברוח סגנונות היסטוריים עד לצורות רגילות במחצית השניה של המאה ה19. חלקתו המקורית של בית הקברות היתה גדולה יותר מאשר החלק הנגיש והפתוח לציבור כיום. בתחילת שנות ה60 בוטל רובה של החלקה ושונה לגן הצבורי – גני מאהלר של היום. במחצית השניה של שנות ה80 של המאה ה20 נהרס בית הקברות בגלל בניית משדר הטלויזיה של ז’יז’קוב על-ידי המשטר הקומוניסטי, רוב בית הקברות נחפר, מצבות אחרות הופלו ונשברו, ושרידי בית הקברות כוסו באדמה והפכו לגן צבורי. המוזיאון היהודי בפראג קיבל לרשותו בשנת 1999 את שארית החלקה של בית הקברות שנשתמרה ברחוב פיביחובה,  כאתר היסטורי. בית הקברות נפתח לציבור בספטמבר 2001 לאחר שיפוצים הכרחיים ועבודות שחזור בסיסיות. כיום בית הקברות נמצא ברשות הקהילה היהודית בפראג

בית העלמין היהודי החדש נוסד בשנת 1890 (5650) , כשבית הקברות היהודי הישן ז'יז'קוב שברחוב פיביחובה (היום) סיים את פעילותו ומשמש היום כאתר היסטורי מוגן. כיום זהו בית העלמין היהודי היחידי בפראג בו מתקיימות הלוויות יהודיות. משנת 2005 ברשותנו נתונים חדשים המאפשרים חיפוש של קבורים ומיקום קיברם ואף הדפסת מפה עם המיקום וניווט לקבר המבוקש. בית העלמין נבנה כך שיוכל להכיל כ- 100.000 קברים. הוא משתרע על שטח של יותר מ – 10 הקטר , עם 25.000 קברים כיום. לצורך השוואה הוא גדול פי עשרה משטחו של בית הקברות העתיק ביוזפוב – הרובע היהודי . אולם ההספדים , בית הטהרה , משרדי ההנהלה והחומה מסביב לבית הקברות נבנו בסגנון של אותה התקופה – הרנסאנס. את אולם ההספדים תכנן הארכיטקט בדז’יך מונזברגר. מההתחלה סודרו החלקות כך שהנקברים מילאו אותם בסדר כרונולוגי ולכן בעת סיור במקום ניתן לסקור את המצבות מהתקופות השונות : מהנאו גותי לנאו רנסאנס , דרך ארט נובו ועד לימינו . מצבות רבות הן יצירותיהם של המובילים בארכיטקטים והפסלים הצ’כיים. חלקת קבורה שנמצאת במרכז השדרות של בית העלמין מוקדשת לעובדי הקהילות היהודיות ולאישים ידועים בחייהם ובפועלם ובכניסה לבית העלמין חלקת כבוד לרבנים ידועים כגון : ד”ר נתן אהרנפלד או ד”ר גוסטב סיחר. בכניסה גם אנדרטה להנצחת ה”פטריה” , לזכר הכפר דולנוקרלוביץ שנמחק כליל עם הקהילה שחיה בו ולזכרם של קורבנות מלחמת העולם הראשונה. לאורך הקיר המזרחי נבנו קברים מפוארים של משפחות אמידות בעלי עסקים ובנקאים גדולים כמו משפחות בונדי , פעתשק או וולדס . הקבר המפורסם ביותר הוא קברו של פראנץ קפקא. בקיר הדרומי של בית העלמין תלויים לוחות זיכרון לקורבנות השואה שניספו בצעדות המוות ומקום קבורתם לא נודע. הניהול והאחזקה של בית העלמין הוא מתקציבה של הקהילה היהודית בפראג ובתמיכתם של אירגונים וקרנות נוספות